Seperti yang sudah disebutkan sebelumnya, meskipun gratis tetapi ada sejumlah biaya yang harus disiapkan oleh peserta yang ingin mengikuti program ini.
Hal ini tertuang dalam Keputusan Menteri Negara Agraria/Kepala Badan Pertanahan Nasional Nomor 4 tahun 1995 Tentang Perubahan Besarnya Pungutan Biaya Dalam Rangka Pemberian Sertifikat Hak Tanah yang Berasal Dari Pemberian Hak Atas Tanah Negara, Penegasan Hak Tanah Adat, dan Konversi Bekas Hak Tanah Adat, yang Menjadi Obyek Proyek Operasi Nasional Agraria.
Aturan tersebut menegaskan bahwa lokasi Prona dibebaskan dari kewajiban membayar uang pemasukan kepada negara dan penerima hak Prona hanya perlu membayar kewajiban biaya administrasi.
Biayanya pun cukup terjangkau dengan nominal sebagai berikut:
- Biaya pemberian hak atas tanah negara untuk daerah pedesaan dengan luas tanah 2 Ha sebesar Rp3.000, untuk daerah perkotaan dengan tanah yang luasnya kurang dari 2000 m2 sebesar Rp5.000, untuk daerah perkotaan dengan luas tanah sampai dengan 2000 m2 sebesar Rp10.000.
- Biaya pemberian hak atas tanah adat untuk daerah pedesaan dengan luas tanah sampai 2 Ha sebesar Rp1.000, untuk daerah perkotaan dengan luas tanah sampai 2000 m2 sebesar Rp1.000.
- Biaya sumbangan penyelenggaraan Landreform sebesar 50% dari biaya administrasi
- Setiap peserta dikenakan biaya sebesar Rp1.250 untuk tiap bidang dalam proyek yang terdiri dari 10 bidang. Jika lokasi tanah yang terdiri dari 5-9 bidang dikenai biaya sebesar Rp2.500.
- Biaya pendaftaran hak – Konversi hak adat di daerah perkotaan sebesar Rp10.000, sedangkan untuk pedesaan sebesar Rp1.000
- Penegasan hak di daerah perkotaan sebesar Rp10.000, sedangkan untuk pedesaan sebesar Rp1.000
- Untuk tanah negara di daerah pedesaan sebesar Rp10.000, sedangkan untuk daerah pedesaan sebesar Rp1.000.
- Biaya formulir sertifikat sebesar Rp2.000