Sebagai bagian dari program yang diselenggarakan secara resmi oleh pemerintah, Prona adalah proyek yang mendapatkan perlindungan secara hukum. Peraturan mengenai Prona tercantum dalam beberapa aturan, antara lain:
- Keputusan Menteri Dalam Negeri No. 189 Tahun 1981 Keputusan Menteri Agraria (Kepala Badan Nasional) No. 4 Tahun 1995
- Peraturan Menteri Agraria dan Tata Ruang Nomor 12 Tahun 2017
- Selain diselenggarakan oleh instansi pemerintahan, Prona juga diatur dalam Kepmendagri No. 189 Tahun 1981 tentang Proyek Operasi Nasional Agraria.