Setelah melengkapi persyaratan pendaftaran PTSL, Badan Pertanahan Nasional (BPN) akan melakukan pengecekan berkas. Apabila berkas sudah lolos persyaratan, maka program PTSL akan segera dilaksanakan. Adapun tahapan pelaksanaan PTSL antara lain adalah sebagai berikut.
Penyuluhan
Pada fase ini, petugas BPN di wilayah desa atau kecamatan akan melakukan penyuluhan kepada para peserta PTSL. Peserta dengan berkas yang lolos kualifikasi BPN diwajibkan untuk datang dalam acara penyuluhan ini.
Pendataan
Dalam tahap pendataan, petugas dari BPN akan mulai menanyakan riwayat kepemilikan tanah yang didaftarkan. Beberapa pertanyaan yang akan dilemparkan antara lain adalah siapa pemilik sebelumnya, dasar kepemilikan tanah (apakah jual beli, warisan, atau hibah), dan riwayat pajak (PPh dan BPHTB).
Pengukuran
Ketika petugas sudah melangsungkan proses pendataan, beberapa waktu kemudian akan dilakukan pengukuran pada lahan yang didaftarkan. Selain mengukur tanah, petugas akan melakukan pengecekan pada batas-batas lahan yang didaftarkan.
Di tahap ini, pemohon diharapkan untuk hadir dan menunjukkan letak tanah, bentuk bidang lahan, luas lahan, serta batas-batasnya. Pengukuran tanah juga melibatkan persetujuan dari pemilik lahan yang berbatasan dengan tanah yang mengikuti PTSL.
Sidang panitia A
Data yang diperoleh dari fase awal dan pengukuran akan kembali dicek oleh petugas. Pada tahapan ini, biasanya akan ada tiga anggota BPN yang bekerja dan dibantu oleh satu staf dari kantor desa atau kelurahan. Mereka akan melakukan pencatatan sanggahan, meminta keterangan tambahan, dan menyimpulkan kelayakan apakah tanah tersebut bisa diberikan sertifikat.
Pengumuman dan pengesahan
Setelah dilakukannya sidang, maka tahap selanjutnya adalah pengumuman dan pengesahan. Selama 14 hari, pengumuman persetujuan PTSL akan ditempel di kantor desa, kelurahan dan kantor BPN setempat.
Penerbitan sertifikat
Yang terakhir, ada penerbitan sertifikat. Nantinya pemohon akan menerima sertifikat tanah yang akan diserahkan secara langsung oleh petugas dari BPN.